Fiche technique : utilisation de Libmol (logiciel de visualisation de molécules

« Fiche technique : utilisation de Libmol (logiciel de visualisation de molécules Permet de télécharger de différentes manières une molécule Permet de sélectionner une partie de la molécule pour changer sa couleur ou sa représentation Affiche la séquence de la molécule Permet de créer une molécule en 3D, c’est-à-dire sa surface visible Permet de visualiser l’interaction entre 2 molécules (exemple Enzyme/subtrat ou Antigène/anticorps) Objectifs de la fiche : 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. Ouvrir un fichier de molécule Sélectionner, représenter, colorer la molécule Zoomer / dé zoomer, tourner, déplacer la molécule Information sur la séquence de la molécule (et sélection) Représentation en 3D (vue en surface) de la molécule Afficher la complémentarité entre 2 molécules (= visualisation clé serrure) Afficher les liaisons au sein de la molécule (liaisons disulfures, hydrogènes, etc.) Mesurer la taille de la molécule, un angle dans la molécule Représentation d’un ADN muté par un hydrocarbure polycyclique aromatique de la fumée de cigarette (en orange) L.

Guérin Ecole Jeannine Manuel Objectif 1 - Ouvrir un fichier de molécule Dans le menu « fichier », 3 méthodes pour télécharger votre molécule en ligne : Taper son nom dans la librairie de molécule Taper son code dans la base de PDB Placer le fichier avec une extension .pdb dans cet espace Dans les 3 cas, la fenêtre s’ouvre avec la molécule affichée selon un mode classique. Dans cette représentation en « boules et bâtonnets », les atomes sont reliés par des liaisons de covalence. Le code couleur est indiqué sous la molécule, ici : Gris = carbone Violet = azote Rouge = oxygène Jaune = soufre L.

Guérin Ecole Jeannine Manuel Objectif 2 - Sélectionner, représenter, colorer la molécule Dans le menu « Commandes », vous pouvez sélectionner la partie de la molécule qui vous intéresse. Méthode 1 - en tapant le nom du nucléotide (ex : guanine) ou de l’acide aminé (ex : tyrosine).

Attention à bien valider votre sélection Méthode 2 – en choisissant une des options proposés, mais le choix est restreint ;( Dans le menu « Commandes », vous pouvez changer le mode de représentation. L’option ‘boules et bâtonnets’ est adaptée pour les petites molécules. L’option ‘Rubans’ est adaptée pour les grosses molécules (ADN, protéine) car il simplifie énormément la vue. Dans le menu « Commandes », vous pouvez changer la couleur de la représentation. L’option « Chaines » permet de distinguer facilement plusieurs chaines. L’option « Atomes » permet d’afficher les atomes suivant le code classique des chimistes. L’option « Palette » permet de choisir ses propres couleurs. L.

Guérin Représentation en rubans et en chaines de la molécule d’insuline (protéine à 2 chaines) Ecole Jeannine Manuel Objectif 3 - Zoomer / dé zoomer, tourner, déplacer la molécule Actions visées : Zoomer Dézoomer Faire tourner la molécule Déplacer la molécule Opérations à effectuer : Maintenir la touche « shift » maintenue, en même temps maintenir le clic gauche de la souris et monter la souris. Maintenir la touche « shift » maintenue, en même temps maintenir le clic gauche de la souris et descendre la souris. Maintenir le clic gauche de la souris et en même temps bouger la souris selon le sens désiré. Maintenir le clic droit de la souris et en même temps bouger la souris selon le sens désiré. Objectif 4 – Information sur la séquence de la molécule (et sélection) Dans.... »